台风过后，海南省交通运输厅连夜启动公路应急抢险保通行动，陆续开展9条高速公路、6条国道、52条省道巡查清障工作。截至9月7日，海口至文昌高速公路已实现双幅通车，90个阻断点全部抢通，国省干线公路恢复正常通行，其他受损公路正加快抢通。三亚、保亭、陵水等市县城市客运、班线客运、旅游客运均已恢复正常运营。三亚凤凰机场、博鳌机场已于7日上午陆续恢复航班，美兰机场已于8日12时有序恢复运行。避台风的客滚船舶已陆续返港，8日投入应急运输，首先抢运抢险救灾人员、救灾物资和装备、鲜活农产品，尽快疏运滞留车辆。

琼州海峡客滚船方面，海口市交通运输和港航管理局9月8日早发布通知称，根据气象信息，海口新海港、秀英港和铁路南港当日13时起恢复运输，优先疏运已预约货车约1000辆。在民航中南地区管理局的指导下，顺丰航空7日白天已执行5个专线航班，为海南运送民生物资累计超170吨。7日晚至8日，顺丰航空计划加飞12个专线航班，全力保障450吨灾后急需的生活物资进入海南。

台风“摩羯”在广东省湛江市徐闻县登陆后，广东省交通运输部门迅速行动，全力推进交通抢修抢通工作，渝湛高速公路、湛徐高速公路和徐闻港支线连夜抢通，7日一早具备通车条件。9月7日，广东省普通国省道因台风灾毁中断的5处（均在湛江）已全部抢通并恢复正常通行；高速公路主动管制封闭10段（湛江9段、阳江1段），除湛徐高速公路往徐闻方向继续暂时封闭外，其余高速公路均已恢复正常通行。

9月7日上午，琼州海峡处于全线停航状态，南方电网急需组织抗灾复电车辆和人员过海驰援海南。广东省交通运输厅迅速牵头成立琼州海峡复航专班，组织北岸交通、海事、海峡办、港航企业等单位，全力抢修受损安检机器、作业房屋、泊位装置等港口基础设施。在确保安全的前提下，广东、海南调度锚泊在海口的“海峡一”轮、“海峡二”轮等船舶，提前返航投入紧急疏运。截至9月7日18时，海安新港率先启动南方电网驰援海南车辆运输专班，第一批次已发班3航次，免费运送应急车辆211辆、人员842人。

为有效防范台风“摩羯”带来的影响，广西交通在可能受台风影响的重点区域，就近建立临时应急仓库，提前预置应急队伍，确保灾情发生时能第一时间发现、处置。广西海事局加派力量到沿海北海、钦州、防城港海事局靠前指挥，加强应急值守，沿海协调47艘大马力拖轮作为指定应急力量部署在北部湾各港区应急待命。